在自然界中很难有微生物纯种群存在，微生物种群的多样性构成自然环境的特点。基于生态系统中的种间关系、生物多样性、群落结构、演替及进化，近20年来发展起来的生态位理论，强调生物有机体在群落中的功能作用，认为各种生物都具有其特定的生态位，不同生物群落之间生态位的重叠与竞争，有时可以形成超产，即混种后的总生产力大于物种单独时产量的简单加和。超产是生物多样性的一种表现，说明多样性有利于增加生态系统的功能。某些时候混菌发酵往往是具有单菌发酵所不具有的优势。问题的关键是如何去获取这种适合需要的菌种混菌生产配伍。

作为混菌生产配伍的最基本的要求，是从生物多样性及有不同微生物菌群具有不同的营养生态的原理出发，使菌种之间不能相互抑制。

菌种的筛选还要符合下列条件

1）繁殖速度快，菌体蛋白含量高。

2）能较好同化基质碳源和无机氮源。

3）无毒性和致病性。

4）菌种性能稳定，抗杂菌能力强。

5）对环境的适应能力强。

最后配菌种的选择，应根据所要发酵的物料的性质进行筛选，应针对不同的发酵原料进行配伍菌种的筛选，不能机械地照搬套用。利用生物技术选育出更好的菌种，充分利用目前餐厨废物中的蛋白资源作为饲料资源，可以加速我国畜牧业和饲料工业的发展。

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